年末調整で控除し忘れた会社員の還付申告｜生命保険・扶養・iDeCoの申告漏れを解説

年末調整で生命保険料控除やiDeCo、扶養親族を出し忘れても、還付申告をすれば納めすぎた所得税を取り戻せます。過去5年分まで遡れるのがポイントです。対象になる控除漏れ、必要書類、手続きの流れを具体例で整理します。

年末調整の書類を出すときに、生命保険料控除証明書が間に合わなかった、iDeCoの掛金を書き忘れた、扶養に入れられる家族を申告し忘れた——こうした控除漏れは意外とよくあります。会社員は年末調整で手続きが完結すると思われがちですが、漏れた控除は自分で還付申告をすれば取り戻せます。副業を始めた方や、これから独立を考えている会社員の方も知っておくと役立つ知識です。

☑ 年末調整で控除証明書を出し忘れてしまった

☑ iDeCoや扶養の申告を忘れた気がするが、もう手遅れか不安だ

☑ 会社員でも確定申告で税金を取り戻せるのか知りたい

年末調整で漏れやすい控除の種類、還付申告で取り戻せる仕組み、過去何年分まで遡れるか、そして必要書類と手続きの流れまでを順に確認します。自分が還付申告をすべきかどうかの見当がつくことを目指します。

年末調整の控除漏れは取り戻せる？

年末調整で控除を出し忘れても、確定申告（還付申告）をすれば納めすぎた所得税を取り戻せます。会社員は自分で申告する機会が少ないため見落としがちですが、控除の適用漏れは後からでも修正できます。

還付申告は5年間できる

還付を受けるための申告は、その年の翌年1月1日から5年間行えます。数年前の控除漏れに今気づいた場合でも、5年以内であれば遡って申告できます。国税庁の「確定申告特集」で手続きの案内を確認できます。

確定申告の期間に縛られない

還付申告は、通常の確定申告期間（2月16日〜3月15日）を待たずに、翌年の1月から提出できます。混雑する時期を避けて手続きできるのもメリットです。スマホでの確定申告を使えば自宅から完結できます。

年末調整で漏れやすい控除

年末調整で申告し忘れやすいのは、生命保険料控除・地震保険料控除・小規模企業共済等掛金控除（iDeCo）・扶養控除・障害者控除などです。これらは還付申告で追加できます。

保険料・iDeCoの控除

• 生命保険料控除・地震保険料控除（証明書が間に合わなかった場合）

• iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金（小規模企業共済等掛金控除）

• 国民年金・国民健康保険を自分で払った分の社会保険料控除

証明書を後から入手できれば、これらの控除を追加できます。控除証明書を紛失したときの再発行も参考にしてください。

扶養・障害者控除

年の途中で家族を扶養に入れられる状態になった、同居の家族が障害者に該当していた、といったケースでは、扶養控除や障害者控除を申告し忘れることがあります。これらも還付申告で追加できます。

還付額のイメージと手続き

還付される金額は、追加する控除額にその人の所得税率を掛けたおおよその額になります。手続きは、源泉徴収票と控除証明書をもとに確定申告書を作成し、税務署へ提出します。

還付シミュレーション

所得税率10%の会社員が、年末調整で漏れていた控除を還付申告で追加した場合のイメージです。

これに加えて、住民税も翌年度の負担が軽くなります。控除額が大きいほど戻る金額も大きくなります。

必要書類

勤務先が発行する源泉徴収票、追加する控除の証明書（保険料控除証明書、iDeCoの掛金払込証明書など）を用意します。マイナポータル連携を使うと、一部の控除証明書を自動で取り込めます。

複数年分の源泉徴収票と証明書をそろえ、年ごとに申告書を作り分けるのが負担なときは、還付申告を代わりに整えてもらう方法もあります。副業を始めた会社員からは、還付分と副業分をまとめてどう申告するかというご相談をいただくことが増えています。

よくある質問

Q. 数年前の控除漏れに今気づきました。まだ間に合いますか？

還付申告は対象の年の翌年から5年間できるため、5年以内であれば遡って申告できます。年ごとに申告書を分けて作成する必要がある点に注意しましょう。

Q. すでに年末調整が終わっているのに、確定申告してもよいのですか？

問題ありません。年末調整で反映されなかった控除を、確定申告で追加する形になります。年末調整の結果は源泉徴収票に表れているので、それをもとに不足分を申告します。

Q. 副業がある会社員でも同じですか？

副業の所得がある場合は、そもそも確定申告が必要になることがあります。その申告の中で漏れていた控除もあわせて反映できます。副業の所得区分については申告書の控えの保管で毎年の内容を記録しておくと整理しやすくなります。

Q. 手続きが不安です。誰かに任せられますか？

還付申告の書類作成に不安がある場合は、専門家に依頼する方法もあります。税理士への依頼費用を確認しつつ、無理のない方法を選びましょう。

今日から動ける控除の取り戻しかた

年末調整で生命保険料控除やiDeCo、扶養親族などを出し忘れても、還付申告をすれば納めすぎた所得税を取り戻せます。還付申告は対象の年の翌年から5年間できるため、過去の控除漏れに気づいたら遡って手続きしましょう。源泉徴収票と控除証明書をそろえれば、自宅からでも申告できます。

ただ、複数年分の源泉徴収票と控除証明書をそろえ、年ごとに申告書を作成するのは、本業をこなしながら進めるには手間のかかる作業です。控除の取りこぼしは、そのまま税金の取り逃がしにつながります。

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【本記事の監修】
領収書丸投げドットコム 責任者 山下
個人事業主・フリーランス専門の記帳代行サービス「領収書丸投げドットコム」（運営：それいけ株式会社）の責任者として、日々の記帳代行・確定申告サポートの実務知見に基づき本記事の内容を確認しています。本記事は、国税庁など公的機関の公表情報をもとに作成しています。