補助金を受け取ったときの消費税の扱いと経理処理をやさしく解説

補助金そのものは対価性がないため消費税は不課税ですが、その補助金で支払った経費は通常どおり課税仕入れとして扱います。入口（補助金＝不課税）と出口（購入＝課税仕入れ）の区分を押さえたうえで、勘定科目や税抜・税込の考え方まで、仕訳のポイントを整理していきます。

苦労して採択された補助金。いざ入金されると、今度は「これって消費税がかかるの？」「どう帳簿につければいいの？」と新しい悩みが出てくるものです。補助金は普段の売上とは性質が違うため、なんとなく同じように処理してしまうと、消費税の計算や申告で思わぬミスにつながることがあります。

☑ 補助金を受け取ったが、消費税がかかるのかどうかわからない

☑ 補助金で買った備品の経理処理や仕訳の仕方に自信がない

☑ 補助金で払った経費の消費税の扱いで、申告がややこしくなりそうで不安だ

このコラムでは、補助金を受け取ったときの消費税の基本的な考え方から、補助金そのものの経理処理、補助金で購入した資産や支払った経費の扱いまでを、個人事業主・フリーランスの方向けに整理します。補助金にまつわる消費税と仕訳のポイントを、ひととおりつかんでいきましょう。

補助金そのものには消費税がかからない

「対価性がない」から不課税になる

結論からお伝えすると、国や自治体などから受け取る補助金・助成金は、原則として消費税の課税対象になりません。消費税は「モノやサービスを売って、その対価としてお金を受け取る取引」にかかる税金で、その基本的なしくみは国税庁タックスアンサーNo.6101「消費税の基本的なしくみ」で確認できます。一方、補助金は「事業を応援するために支給されるお金」であり、何かを販売した対価として受け取るわけではありません。

このように、対価としての性質（対価性）がない取引を、消費税の世界では不課税取引と呼びます。補助金は典型的な不課税取引で、受け取った金額に消費税は含まれていない、と考えます。持続化補助金や事業再構築の補助金、各種の助成金なども、基本的にこの不課税の扱いになります。

非課税・不課税・免税の違いに注意

消費税の話では「非課税」「不課税」「免税」という似た言葉が出てきて混乱しがちです。補助金は「不課税」であって「非課税」ではありません。ざっくりとした違いは次のとおりです。

• 不課税：そもそも消費税の対象にならない取引（補助金、寄附、保険金など）

• 非課税：消費税の対象だが、政策的に税をかけない取引（土地の譲渡、利息など）

• 免税：本来は課税だが、輸出など一定の理由で税が免除される取引

細かい区分まで完璧に覚える必要はありませんが、「補助金は不課税」とだけ押さえておくと、後で説明する消費税計算の場面で迷いにくくなります。

補助金を受け取ったときの経理処理

勘定科目は「雑収入」が基本

補助金を受け取ったときは、収益として帳簿に計上します。個人事業主の場合、勘定科目は雑収入を使うのが一般的です。たとえば50万円の補助金が普通預金に振り込まれたときは、次のように仕訳します。

• （借方）普通預金 500,000 ／ （貸方）雑収入 500,000

このとき、雑収入の消費税区分は「不課税」として登録します。会計ソフトを使っている場合は、補助金専用の不課税区分や「対象外」を選ぶことになります。仕訳のパターンをもっと具体的に確認したいときは補助金の勘定科目と仕訳にまとめています。売上と同じ課税の区分を選んでしまうと、消費税の計算が狂ってしまうので注意しましょう。

所得税では原則として課税対象になる

消費税はかからない補助金ですが、所得税の世界では話が別です。事業に関連して受け取った補助金は、原則として事業所得などの収入金額に含まれ、所得税の課税対象になります。この課税の考え方や総額で計上する原則は補助金の課税と総額主義で確認できます。「消費税がかからない＝税金がまったくかからない」ではない、という点はしっかり区別しておきましょう。

ただし、補助金で固定資産を買った場合などには、一定の要件のもとで課税のタイミングをずらす特例（圧縮記帳など）が用意されていることもあります。金額が大きい補助金を受け取ったときは、所得税の取り扱いについて事前に専門家へ確認しておくと安心です。

計上する時期にも気をつける

補助金は、原則として「交付が決定した年」または「金額が確定した年」の収入として計上します。実際の入金が翌年にずれ込むケースもあるため、入金日だけで判断すると計上時期を間違えることがあります。交付決定通知書や確定通知書の日付を確認し、どの年の収入になるのかを整理しておきましょう。年をまたぐ補助金は、特に処理を間違えやすいポイントです。

補助金で買った資産・払った経費の消費税

支払った側の消費税は通常どおり処理する

ここが補助金の消費税で最も間違えやすいところです。補助金そのものは不課税ですが、その補助金を使って何かを購入したときの消費税は、通常の経費と同じように扱います。たとえば補助金を元手にパソコンや機械を買えば、その購入代金には消費税が含まれており、課税仕入れとして処理します。

つまり「収入（補助金）は不課税」「支出（購入）は課税仕入れ」と、入口と出口で消費税の区分が分かれるイメージです。補助金で買ったからといって、支払った経費の消費税区分を特別扱いする必要はありません。

仕入税額控除と補助金の関係

消費税の納税額を計算するとき、原則課税の事業者は「受け取った消費税」から「支払った消費税（仕入税額控除）」を差し引きます。補助金で買った備品の消費税も、この仕入税額控除の対象に含めることができます。

注意したいのは、補助金は不課税収入なので、受け取った消費税の側には一切影響しないという点です。一方で、その補助金で支払った課税仕入れは控除に使えるため、見方によっては「消費税の計算上は有利に働く」場面もあります。なお、簡易課税を選んでいる場合は計算方法が異なり、その仕組みは国税庁タックスアンサーNo.6505「簡易課税制度」で確認できます。自分がどの課税方式かをまず確認しておきましょう。

補助金は税抜・税込どちらで申請したか

補助金の申請では、対象経費を税抜で計算する場合と税込で計算する場合があり、制度によって扱いが異なります。原則課税で消費税の還付・控除を受けられる事業者は、補助対象経費を税抜で見るよう求められることが多い傾向です。これは、消費税分まで補助金でカバーすると「補助金と消費税控除の二重取り」になってしまうためです。税抜申請と仕入税額控除の関係、返還が必要になるケースは補助金と消費税・仕入税額控除の返還にまとめています。

申請時の経費の計算方法を取り違えると、後から補助金の返還を求められることもあります。募集要項や交付規程に書かれた消費税の取り扱いを必ず確認し、自分の課税方式に合わせて処理することが大切です。

帳簿づけで間違えないためのコツ

補助金の入金は通帳の備考もそろえて記録

補助金は金額が大きく、税務署からも内容を確認されやすい収入です。入金があったら、通帳の摘要や振込名義をメモし、交付決定通知書・実績報告書・確定通知書などの関連書類とセットで保管しておきましょう。後から「これは何の入金だったか」を説明できる状態にしておくことが、調査対策にもなります。補助金がらみの税区分や仕訳を間違えたくないときは、記帳代行に任せる方法もあります。

会計ソフトの税区分は最初に設定する

会計ソフトで補助金を入力するときは、雑収入の税区分を「不課税（対象外）」に設定するのを忘れないようにしましょう。一度間違った区分で登録すると、似た取引をそのままコピーして使い、誤りが連鎖しがちです。最初の1件目を正しく設定しておくことが、年間を通じたミス防止につながります。

補助金がらみの取引はまとめて見直す

• 補助金の入金 → 雑収入・不課税で計上できているか

• 補助金で買った資産・経費 → 課税仕入れで計上できているか

• 申請の対象経費 → 税抜・税込のどちらで処理すべきか確認したか

決算前にこの3点をまとめて見直すと、補助金まわりの処理の抜け漏れを効率よくチェックできます。補助金は単発の取引である分、普段の処理とは別枠で確認する意識を持っておくと安心です。

よくある質問

Q. 補助金を受け取ると、消費税の納税額が増えてしまいますか？

いいえ、補助金そのものは不課税収入のため、受け取った消費税には含まれず、納税額を直接増やすことはありません。むしろ補助金で課税仕入れ（備品購入など）を行えば、その分は仕入税額控除の対象になり得ます。ただし簡易課税や免税事業者では計算の仕組みが異なるため、自分の課税方式を確認したうえで判断しましょう。

Q. 補助金は消費税がかからないなら、所得税もかからないのですか？

消費税と所得税は別の税金です。事業に関連して受け取った補助金は、消費税では不課税ですが、所得税では原則として事業所得などの収入に含まれ、課税の対象になります。「消費税がかからない＝無税」ではない点に注意が必要です。固定資産の購入に充てた場合などは特例が使えることもあるので、金額が大きいときは専門家に相談すると安心です。

Q. 補助金で買った備品の消費税は、経費として処理してよいのですか？

はい。補助金を元手にした購入でも、支払った代金に含まれる消費税は通常の経費と同じく課税仕入れとして処理します。補助金で買ったからといって、消費税区分を特別扱いする必要はありません。ただし、補助対象経費を税抜で申請した場合は、補助金と消費税控除が重複しないよう、申請内容と帳簿の整合性を確認しておきましょう。

結論｜補助金は不課税の収入・通常の経費で整理する

補助金の消費税は、「補助金そのものは不課税」「その補助金で支払った経費は通常どおり課税仕入れ」という入口と出口の区分さえ押さえれば、それほど難しくありません。あわせて、消費税は不課税でも所得税では原則課税であること、申請時の対象経費を税抜・税込どちらで見るかは制度ごとに確認すること、この2点を意識しておくと、申告でのつまずきを防げます。

ただ、補助金は単発で金額も大きく、関連書類の管理や仕訳の区分など、普段とは違う手間がかかります。本業の合間にこれらを正確にこなすのは、想像以上に骨が折れます。処理に迷ったまま放置すると、後の申告で慌てる原因にもなりかねません。

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【本記事の監修】
領収書丸投げドットコム 責任者 山下
個人事業主・フリーランス専門の記帳代行サービス「領収書丸投げドットコム」（運営：それいけ株式会社）の責任者として、日々の記帳代行・確定申告サポートの実務知見に基づき本記事の内容を確認しています。本記事は、国税庁など公的機関の公表情報をもとに作成しています。